Los primeros pobladores de Apacilagua fueron un grupo de indígenas olmecas, que se establecieron junto al río Choluteca, aunque debido a una inundación se trasladaron de lugar. Este hecho está documentado por los restos arqueológicos encontrados. A finales del siglo XVIII y principios del XIX Sebastián Espinal se estableció en el poblado entre los nativos y los contrató como servidores. Según datos históricos, Espinales donó un kilómetro cuadrado de sus tierras, y en 1831 se fundó Apacilagua.

 

El pueblo fue quemado por las fuerzas revolucionarias del general Domingo Vásquez. Se constituyó como municipio del departamento de Choluteca en 1887, durante la administración del general Luis Bogran, con siete aldeas: Mezcales, San Felipe, Albarrada, Somuina, Los Limones, San Felipe y La Garza. Etimología:En su obra Crónica de San Francisco en la Provincia de Guatemala (1716), el padre Francisco Vázquez habla de los apazinas, palabra de la que deriva Apacilagua, cuya verdadera ortografía debería ser Apaztzinhua, derivada de Apaztzinhucan: Lugar que tiene apastillos o cantaritos.